Formation continue courte
Premiers pas en bio-informatique
Mise à jour : 05/10/2020
- Période ?
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- Dates à définir
- Pour qui ?
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- salarié ou demandeur d'emploi
- Professionnels du secteur des semences et de l’amélioration des plantes, chercheurs en biologie
- Où ?
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- Montpellier SupAgro (Campus la Gaillarde)
Objectifs
La bio-informatique est perçue comme un champ de recherche difficile d’accès malgré son rôle crucial dans l’analyse des données « omiques ». La diversité des approches, le foisonnement des outils et l’apparente complexité des compétences à développer pour être efficace dans ce domaine sont un frein pour le néophyte, étudiant ou professionnel. Cette formation se propose de lever les premiers verrous et de permettre aux stagiaires de marquer une première étape vers l’autonomie dans l’analyse de données utilisant la bio-informatique.
Les objectifs de la formation :
- Se familiariser avec les concepts et outils de la bio-informatique appliqués au traitement des informations de séquençage massif et à l’analyse comparative des séquences biologiques
- Savoir les intégrer pour valoriser efficacement les données de séquençage à haut débit et répondre à des questions scientifiques (notamment en amélioration des plantes).
Thèmes
- Informatique, bio-statistique, data sciences
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Contenu et programme
Langues d'enseignement : en français
Contenus et points clefs
- Traitement d’un fichier de données de séquences brut (séquençage comparatif de type génotypage par séquençage réalisé par les technologies de séquençage haut débit)
- Analyse comparative de données de séquences, recherche de polymorphismes, caractérisation et exploitation des polymorphismes observés
- Réalisation d’arbres phylogénétiques à partir d’un alignement de séquences biologiques. Notion d’orthologie et paralogie.
- Introduction à l’utilisation de la ligne de commande sous Linux, premières commandes et enchaînements de traitements sous forme de scripts.
- Manipulation de données tabulaires en utilisant la ligne de commande, un tableur, et R
- Ces analyses seront menées à bien en utilisant des machines virtuelles et Linux (aucune expérience préalable nécessaire)
Ces analyses seront menées à bien en utilisant des machines virtuelles et Linux (aucune expérience préalable nécessaire).
A la fin du stage, vous serez capable de
- De raisonner les choix et implications des différentes technologies de séquençage
- D’enchainer de façon pertinente un ensemble de traitements bio-informatiques des données de séquence
- De mobiliser les méthodes et concepts manipulés dans des situations non explorées pendant la formation
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Conditions d'admission
- Pré-requis exigés : Connaissance des grands concepts de génétique moléculaire
- Date limite d’inscription : 13/09/2019
Responsables pédagogiques
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Isabel MARTIN GRANDE
Ingénieure pédagogique
- Département Biologie et Ecologie (BE)
- Montpellier SupAgro (Campus la Gaillarde)
Email : isabel.martin-grande@supagro.fr
Téléphone : +33 (0)4 99 61 20 95
Téléphone : +33 (0)4 99 61 20 95
Partenaires
Intervenant : Alexandre DEHNE-GARCIA, Ingénieur INRAE
Lieu
Montpellier SupAgro
Campus de La Gaillarde
2 place Pierre Viala
Montpellier
Inscription
Tarifs
410 € nets de taxes/jour/participant soit 2050 € pour les 5 jours (non dissociables)
Agents du Cirad, de l’INRAE, et autofinancement : nous contacter
Déjeuners pris en charge par Montpellier SupAgro - matériels pédagogiques inclus
Contacts
L'institut Agro | Montpellier SupAgro
2 place Pierre Viala
34060 Montpellier - France
Tél. : +33 (0)4 99 61 22 00 Tél. : +33 (0)4 99 61 22 00
Fax : +33 (0)4 99 61 29 00
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